PAMを用いた実験の手順

　各ビームラインには実験ハッチ外から結晶を交換することができるサンプル交換ロボットPAM(PF Automated Mounting system)が導入されています。 サンプル交換時間の短縮を目的としたダブルトングシステムで運用されています。

サンプルリストファイルの準備

　サンプルリストファイルはPAMで取り扱うカセットの中のサンプル情報を記述したcsv(comma-separated values)形式のファイルで、PAMを使用する前に準備して、UGUISに読み込ませる必要があります。

サンプルリストファイルの仕様

サンプルリストファイルの例

• csv形式(カンマ区切り)であり、拡張子は.csvとします。
• 1行目は必ず列名にしてください。
• デフォルトの欄に必須と書かれたものについては入力がないとその行はスキップされます。
• 各レコードをダブルクォーテーションで囲む(” ”)ことが出来ます。この場合、各レコード内にもカンマ(,)を文字として使用することが出来ます。 反対に、各レコード内でダブルクォーテーションを使用することは出来ません。
• 入力のない列についてはUGUISは読み込み後、デフォルト値で補完します。
• 自動スクリーニングはサンプルリストファイルの記述順に行われます。したがって、PortがA1,A2,...というように連続して並んでいる必要はありません。 また、Portに同一のものが連続して入力されていても構いません。 ファイル名が重複した場合には、測定の段階でエラーが発生し、測定が停止するので、Run番号を変えるなどして重複を避けてください。

カセットリストファイルの仕様

カセットリストファイルの例はこちら

• カセットリストファイルはサンプルリストファイルと同じファイル名で拡張子を.cblとし、サンプルリストファイルと同じディレクトリに格納してください。
• [Directory]セクションには、実験データを保存するディレクトリの元ディレクトリを指定します。 各サンプルの実験データは
  ([Directory]の指定ディレクトリ)/(ContainerID)/(Directory)
  の下に保存されることになります。
• [BarcodePosition]セクションには、カセットIDのバーコードによる認識を行うための、バーコードピンの場所を指定します。 StandordカセットおよびUnipuckカセットとで独立に指定してください。
• [BarcodeList]セクションには、バーコードIDとカセットIDとの対応について指定します。 書式は、
  (BarcodeID):(ContainerID)
  となり、複数記述する場合には、複数の行で指定してください。

バーコードによるカセットIDの自動認識について

　カセットリストファイルにバーコードIDとカセットIDとの対応が記述されていると、UGUISはカセットをチェックする際に、 [BarcodePosition]で指定された位置のピンの底に記された2次元バーコードを読み取ります。 そして、バーコードIDを読み取ったカセット のPAMデュワー内での位置に対応するカセットIDを自動的に割り当てます。 これによって、ユーザーが手動でPAMデュワー内での位置にカセットIDを割り当てる必要がなく、人為的なミスを減らすことが出来ます。

サンプルリストファイルの各パラメータの意味