放射線科学センターでは、全国の大学や研究機関からKEKを訪れる共同利用研究者が放射線施設内で作業を行う際の放射線管理や、加速器の運転に伴い発生する放射線の監視、研究上必要な各種放射性物質の管理などの放射線安全対策業務を一元的に担当しています。

また、研究活動で生じる化学廃液や使用済み薬品などを廃液処理装置で安全、適切に無害化し、機構から公共下水道に排出される水が汚染されることがないようにいつも水質検査室で検査をしています。