連携大学院制度は、KEKと大学院が連携・協力して学生の指導を行い、学生の資質向上を図り、相互の研究交流を促進することによって、学術及び科学技術の発展に寄与することを目的としています。

連携大学院制度では、KEKと大学院が協定を締結した上で、KEKの研究者が大学院の客員教員（併任教員）に就任し、KEKの各研究所内で大学院生を学位取得まで指導します。

現在連携している大学院・講座、研究科名は、

　　○東京大学-学際理学講座
　　○東北大学大学院-理学研究科
　　○北海道大学大学院-工学院
　　○東京大学大学院-新領域創生科学研究科
　　○東京理科大学-理工学研究科及び基礎工学研究科

　　○東京工業大学大学院-総合理工学研究科

　以上６校・１講座６研究科等となっております