共通基盤研究施設では、多彩な研究計画を円滑に遂行するために高度な技術支援を行っています。放射線、環境計測、コンピュータ、超伝導・低温技術、精密加工技術等に関する研究・技術開発および支援業務を行うために 4つのセンターが置かれており、技術職員はそれぞれのセンターにおいて教員と共同で業務を遂行しています。
計算科学センター
計算科学センターは、教員15名、技術職員6名、事務職員2名の計23名でSuper KEKB、
J-PARCなど最先端の加速器で作り出される大量のデータを解析・蓄積するために中央計算機システムを運用しています。
ネットワーク基盤、情報セキュリティ、電子メール、WEBサーバ、
ソフトウェアの提供などコンピュータ・ネットワークに必要な新しい技術を用いたサービスも行なっています。
放射線科学センター
放射線科学センターは、加速器や放射性同位元素から発生する放射線に対する安全管理及び放射線検出器等の研究・開発を行う放射線管理部門と化学物質の管理や環境中の化学物質の分析及び研究を行う環境安全管理部門で構成されています。
10名の技術職員がつくば及び東海キャンパスで働いています。
超伝導低温工学センター
超伝導低温工学センターは、教員9名（東海3名）、技術職員7名（東海3名）の計16名で、超伝導を始め多くの極低温実験に欠かせない液体ヘリウムの製造・供給、および超伝導電磁石開発を中心とした超伝導技術や低温技術に関する開発研究を行なっています。
機械工学センター
機械工学センターは機構内外の研究者やプロジェクトからの要請を受けて、製造支援（依頼業務）や エンジニアリング支援（研究開発業務）を担っています。当センターに所属する技術職員は12名で、他に教員5名、技術補佐員3名の計20名で研究開発や業務作業を行っています。