| 部門 | 氏名 | 職名 | 備考 | 
|---|---|---|---|
| 室長 | 船守 展正 | 教授 | 物構研 所長 | 
| 副室長 | 雨宮 健太 | 教授 | 物構研 副所長 | 
| 副室長 | 大友 季哉 | 教授 | 物構研 副所長 | 
| 量子ビーム施設連携部門 | 宇佐美 徳子 | 教授 | |
| 君島 堅一 | 准教授 | ||
| 友野 大 | 助教 | 大阪大学(クロスアポイントメント) | |
| 藤井 恵美 | URA | 2025.6着任 | |
| 広田 克也 | URA | KEK外部連携推進部(クロスアポイントメント) | |
| AI・DX開発部門 | 小野 寛太 | 教授 | 大阪大学(クロスアポイントメント) | 
| 武市 泰男 | 准教授 | 2025.6着任 | |
| イメージング・顕微開発部門 | 永谷 幸則 | 准教授 | |
| 山下 翔平 | 助教 | ||
| 非破壊分析開発部門 | 大東 琢治 | 准教授 | |
| 反保 元伸 | 助教 |