| 1971年 4月 | 高エネルギー物理学研究所設立 |
| 1974年 6月 | 日本学術会議「放射光総合研究所」設置を勧告 |
| 1976年 6月 | 高エネルギー物理学研究所にフォトンファクトリー専門委員会を設置 |
| 1978年 4月 | 放射光実験施設設立、実験施設の建設開始 |
| 1979年 1月 | 放射光実験施設鍬入れ式（25日） |
| 1981年 3月 | 放射光光源棟が完成 |
| 1982年 2月 | 入射器で2.5GeVの電子ビーム加速に成功、PFリングに入射開始 |
| 1982年 3月 | PFリングに2.5GeVで電子ビームを蓄積、放射光の取り出しに成功（11日） |
| 1982年10月 | 放射光研究棟が完成 |
| 1983年 2月 | 縦形ウィグラー、アンジュレーターの試運転に成功 |
| 1983年 6月 | 放射光共同利用実験を開始 |
| 1985年10月 | 入射器で2.5GeVの陽電子ビーム加速に成功 |
| 1987年 2月 | PFリングの低エミッタンスモード（130nmrad）の共同利用実験開始 |
| 1987年 4月 | PF-ARで放射光共同利用実験開始 |
| 1987年11月 | PFリングでマルチポールウィグラー運転開始 |
| 1988年 3月 | PFリングで350mAの陽電子ビームの蓄積に成功 |
| 1988年 8月 | 第３回シンクロトロン放射光装置技術国際会議（SRI−88）を主催 |
| 1988年10月 | AR円偏光ウィグラー・アンジュレーターから高輝度楕円偏光X線の取り出しに成功 |
| 1989年 4月 | 総合研究大学院大学・放射光科学専攻を設置 |
| 1990年 1月 | PF光源棟の屋上断熱工事完成 |
| 1990年 4月 | PFリングで単バンチ運転の共同利用実験を開始 |
| 1990年12月 | 世界初の真空封止型アンジュレーターから高輝度Ｘ線の取り出しに成功 |
| 1991年 3月 | PFリングで３GeV運転開始 |
| 1992年 8月 | 放射光実験準備棟の建設開始 |
| 1993年 3月 | 放射光実験準備棟完成 |
| 1993年10月 | オーストラリアとの協定ビームライン完成 |
| 1995年10月 | トリスタンMRリングでの放射光実験 |
| 1996年 5月 | PF-ARにおいて心臓の冠状動脈造影診断システムの臨床応用を開始 |
| 1996年12月 | PFリングにおいて773mAの大電流蓄積に成功 |
| 1997年 4月 | 高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・放射光研究施設に組織変更 |
| 1997年 9月 | PFリング高輝度化（36nmrad）完成 |
| 2001年 4月 | 構造生物学実験棟完成 |
| 2002年 1月 | PF-AR高度化（大強度パルス放射光源）改造完了 |
| 2003年 5月 | 構造生物学研究センター設立 |
| 2004年 4月 | 大学共同利用機関法人 高エネルギー加速器研究機構発足（放射光科学研究施設に名称変更） |
| 2005年 9月 | PFリング直線部増強改造工事 完了 |
| 2006年 4月 | 次世代放射光源・ERL計画推進室発足 |
| 2009年 1月 | PFリングのトップアップ運転開始 |
| 2009年 4月 | 放射光源研究系が加速器研究施設・加速器第七研究系に組織変更 |
| 2009年 4月 | 構造物性研究センター設立 |
| 2009年 4月 | インドビームライン開設 |
| 2009年10月 | Ada Yonath博士にリボソームの結晶構造解析でノーベル化学賞 |
| 2010年 4月 | コンパクトERL建設開始 |
| 2011年 3月 | 東日本大震災により被災、夏までの共同利用実験が中止に |
| 2012年 2月 | PFリングでハイブリッド（マルチバンチ＋シングルバンチ）運転開始 |
| 2014年 3月 | コンパクトERLエネルギー回収運転に成功 |
| 2017年 2月 | PF-AR直接入射路が完成、6.5GeVフルエネルギーの電子ビーム入射・蓄積に成功 |
| 2017年 4月 | ERL計画推進室が廃止、先端加速器推進部・超電導加速器利用推進チームへ改組 |
| 2018年 11月 | PF-ARトップアップ運転開始 |
| 2019年 4月 | 放射光実験施設が正式な組織として発足、加速器第七研究系が加速器第六研究系に名称変更 |
| 2020年 4月 | 量子ビーム連携研究センター(CIQuS)が発足（構造物性研究センターを発展的に改組・拡充） |
| 2021年 10月 | 高エネルギー加速器研究機構にフォトンファクトリー計画推進委員会を設置 |
