PFは、光源加速器の整備・高度化を担当する加速器研究施設 加速器第六研究系、施設の運営とビームライン・エンドステーションの標準化・先端化を担当する物質構造科学研究所 放射光実験施設、および、放射光を利用して物質・生命科学研究を推進する物質構造科学研究所 放射光科学第一研究系・第二研究系から構成されます。それぞれのエキスパートから成る組織のもとで、高度な研究や技術開発を可能とする組織となっています。
放射光実験施設には、運営、基盤技術、測定装置の3部門を置き、利用制度の整備と運用、安全管理、施設間連携を主導するとともに、加速器第六研究系とともに放射光ビームの安定供給と高性能化を、放射光科学第一・第二研究系とともにビーム利用の高度化を推進しています。
放射光科学第一研究系には、表面科学研究部門、固体物理学研究部門の２部門を、放射光科学第二研究系には構造生物学研究部門、材料科学研究部門の２部門を置き、放射光を利用した物質・生命科学研究を推進します。
放射光科学第一研究系：表面科学研究部門
放射光科学第一研究系：固体物理学研究部門
放射光科学第二研究系：構造生物学研究部門
放射光科学第二研究系：材料科学研究部門
放射光実験施設の光源加速器の整備・高度化は、加速器研究施設に属する加速器第六研究系が担当しています。また、将来光源につながる加速器科学関連研究や技術開発を推進しています。光源第一グループから第七グループまで、７つのグループが置かれています。
